suppressPackageStartupMessages({
library(dplyr)
library(ggplot2)
library(SingleCellExperiment)
library(scater)
library(scran)
library(UpSetR)
library(googlesheets4)
library(cowplot)
library(BiocParallel)
library(scDblFinder)
library(tibble)
library(ggpubr)
library(reshape2)
library(pheatmap)
library(RColorBrewer)
library(batchelor)
library(DropletUtils)
library(zellkonverter) # library for conversion of singlecellexperiment objects
})Warning message:
“il pacchetto ‘UpSetR’ è stato creato con R versione 4.3.0”
Warning message:
“il pacchetto ‘googlesheets4’ è stato creato con R versione 4.3.0”
Warning message:
“il pacchetto ‘batchelor’ è stato creato con R versione 4.3.0”
Warning message:
“il pacchetto ‘DropletUtils’ è stato creato con R versione 4.3.0”
Warning message:
“sostituzione dell'importazione precedente ‘S4Arrays::.__C__DummyArrayViewport’ con ‘DelayedArray::.__C__DummyArrayViewport’ durante il caricamento di ‘HDF5Array’”
Warning message:
“sostituzione dell'importazione precedente ‘S4Arrays::DummyArrayGrid’ con ‘DelayedArray::DummyArrayGrid’ durante il caricamento di ‘HDF5Array’”
Warning message:
“sostituzione dell'importazione precedente ‘S4Arrays::DummyArrayViewport’ con ‘DelayedArray::DummyArrayViewport’ durante il caricamento di ‘HDF5Array’”
Warning message:
“sostituzione dell'importazione precedente ‘S4Arrays::write_block’ con ‘DelayedArray::write_block’ durante il caricamento di ‘HDF5Array’”
Warning message:
“sostituzione dell'importazione precedente ‘S4Arrays::maxlength’ con ‘DelayedArray::maxlength’ durante il caricamento di ‘HDF5Array’”
Warning message:
“sostituzione dell'importazione precedente ‘S4Arrays::arbind’ con ‘DelayedArray::arbind’ durante il caricamento di ‘HDF5Array’”
Warning message:
“sostituzione dell'importazione precedente ‘S4Arrays::aperm.ArbitraryArrayGrid’ con ‘DelayedArray::aperm.ArbitraryArrayGrid’ durante il caricamento di ‘HDF5Array’”
Warning message:
“sostituzione dell'importazione precedente ‘S4Arrays::refdim’ con ‘DelayedArray::refdim’ durante il caricamento di ‘HDF5Array’”
Warning message:
“sostituzione dell'importazione precedente ‘S4Arrays::downsample’ con ‘DelayedArray::downsample’ durante il caricamento di ‘HDF5Array’”
Warning message:
“sostituzione dell'importazione precedente ‘S4Arrays::as.character.Array’ con ‘DelayedArray::as.character.Array’ durante il caricamento di ‘HDF5Array’”
Warning message:
“sostituzione dell'importazione precedente ‘S4Arrays::mapToGrid’ con ‘DelayedArray::mapToGrid’ durante il caricamento di ‘HDF5Array’”
Warning message:
“sostituzione dell'importazione precedente ‘S4Arrays::as.complex.Array’ con ‘DelayedArray::as.complex.Array’ durante il caricamento di ‘HDF5Array’”
Warning message:
“sostituzione dell'importazione precedente ‘S4Arrays::Mindex2Lindex’ con ‘DelayedArray::Mindex2Lindex’ durante il caricamento di ‘HDF5Array’”
Warning message:
“sostituzione dell'importazione precedente ‘S4Arrays::as.matrix.Array’ con ‘DelayedArray::as.matrix.Array’ durante il caricamento di ‘HDF5Array’”
Warning message:
“sostituzione dell'importazione precedente ‘S4Arrays::is_sparse’ con ‘DelayedArray::is_sparse’ durante il caricamento di ‘HDF5Array’”
Warning message:
“sostituzione dell'importazione precedente ‘S4Arrays::.__C__RegularArrayGrid’ con ‘DelayedArray::.__C__RegularArrayGrid’ durante il caricamento di ‘HDF5Array’”
Warning message:
“sostituzione dell'importazione precedente ‘S4Arrays::.__C__SafeArrayViewport’ con ‘DelayedArray::.__C__SafeArrayViewport’ durante il caricamento di ‘HDF5Array’”
Warning message:
“sostituzione dell'importazione precedente ‘S4Arrays::.__C__Array’ con ‘DelayedArray::.__C__Array’ durante il caricamento di ‘HDF5Array’”
Warning message:
“sostituzione dell'importazione precedente ‘S4Arrays::.__C__ArrayViewport’ con ‘DelayedArray::.__C__ArrayViewport’ durante il caricamento di ‘HDF5Array’”
Warning message:
“sostituzione dell'importazione precedente ‘S4Arrays::RegularArrayGrid’ con ‘DelayedArray::RegularArrayGrid’ durante il caricamento di ‘HDF5Array’”
Warning message:
“sostituzione dell'importazione precedente ‘S4Arrays::makeNindexFromArrayViewport’ con ‘DelayedArray::makeNindexFromArrayViewport’ durante il caricamento di ‘HDF5Array’”
Warning message:
“sostituzione dell'importazione precedente ‘S4Arrays::extract_array’ con ‘DelayedArray::extract_array’ durante il caricamento di ‘HDF5Array’”
Warning message:
“sostituzione dell'importazione precedente ‘S4Arrays::.__C__ArbitraryArrayGrid’ con ‘DelayedArray::.__C__ArbitraryArrayGrid’ durante il caricamento di ‘HDF5Array’”
Warning message:
“sostituzione dell'importazione precedente ‘S4Arrays::aperm.DummyArrayGrid’ con ‘DelayedArray::aperm.DummyArrayGrid’ durante il caricamento di ‘HDF5Array’”
Warning message:
“sostituzione dell'importazione precedente ‘S4Arrays::as.array.Array’ con ‘DelayedArray::as.array.Array’ durante il caricamento di ‘HDF5Array’”
Warning message:
“sostituzione dell'importazione precedente ‘S4Arrays::as.integer.Array’ con ‘DelayedArray::as.integer.Array’ durante il caricamento di ‘HDF5Array’”
Warning message:
“sostituzione dell'importazione precedente ‘S4Arrays::is_sparse<-’ con ‘DelayedArray::is_sparse<-’ durante il caricamento di ‘HDF5Array’”
Warning message:
“sostituzione dell'importazione precedente ‘S4Arrays::as.raw.Array’ con ‘DelayedArray::as.raw.Array’ durante il caricamento di ‘HDF5Array’”
Warning message:
“sostituzione dell'importazione precedente ‘S4Arrays::.__C__DummyArrayGrid’ con ‘DelayedArray::.__C__DummyArrayGrid’ durante il caricamento di ‘HDF5Array’”
Warning message:
“sostituzione dell'importazione precedente ‘S4Arrays::ArbitraryArrayGrid’ con ‘DelayedArray::ArbitraryArrayGrid’ durante il caricamento di ‘HDF5Array’”
Warning message:
“sostituzione dell'importazione precedente ‘S4Arrays::as.character.ArrayGrid’ con ‘DelayedArray::as.character.ArrayGrid’ durante il caricamento di ‘HDF5Array’”
Warning message:
“sostituzione dell'importazione precedente ‘S4Arrays::as.numeric.Array’ con ‘DelayedArray::as.numeric.Array’ durante il caricamento di ‘HDF5Array’”
Warning message:
“sostituzione dell'importazione precedente ‘S4Arrays::ArrayViewport’ con ‘DelayedArray::ArrayViewport’ durante il caricamento di ‘HDF5Array’”
Warning message:
“sostituzione dell'importazione precedente ‘S4Arrays::acbind’ con ‘DelayedArray::acbind’ durante il caricamento di ‘HDF5Array’”
Warning message:
“sostituzione dell'importazione precedente ‘S4Arrays::t.Array’ con ‘DelayedArray::t.Array’ durante il caricamento di ‘HDF5Array’”
Warning message:
“sostituzione dell'importazione precedente ‘S4Arrays::read_block’ con ‘DelayedArray::read_block’ durante il caricamento di ‘HDF5Array’”
Warning message:
“sostituzione dell'importazione precedente ‘S4Arrays::rowsum’ con ‘DelayedArray::rowsum’ durante il caricamento di ‘HDF5Array’”
Warning message:
“sostituzione dell'importazione precedente ‘S4Arrays::.__C__ArrayGrid’ con ‘DelayedArray::.__C__ArrayGrid’ durante il caricamento di ‘HDF5Array’”
Warning message:
“sostituzione dell'importazione precedente ‘S4Arrays::aperm.RegularArrayGrid’ con ‘DelayedArray::aperm.RegularArrayGrid’ durante il caricamento di ‘HDF5Array’”
Warning message:
“sostituzione dell'importazione precedente ‘S4Arrays::as.vector.Array’ con ‘DelayedArray::as.vector.Array’ durante il caricamento di ‘HDF5Array’”
Warning message:
“sostituzione dell'importazione precedente ‘S4Arrays::Lindex2Mindex’ con ‘DelayedArray::Lindex2Mindex’ durante il caricamento di ‘HDF5Array’”
Warning message:
“sostituzione dell'importazione precedente ‘S4Arrays::colsum’ con ‘DelayedArray::colsum’ durante il caricamento di ‘HDF5Array’”
Warning message:
“sostituzione dell'importazione precedente ‘S4Arrays::mapToRef’ con ‘DelayedArray::mapToRef’ durante il caricamento di ‘HDF5Array’”
Warning message:
“sostituzione dell'importazione precedente ‘S4Arrays::as.data.frame.Array’ con ‘DelayedArray::as.data.frame.Array’ durante il caricamento di ‘HDF5Array’”
Warning message:
“sostituzione dell'importazione precedente ‘S4Arrays::as.logical.Array’ con ‘DelayedArray::as.logical.Array’ durante il caricamento di ‘HDF5Array’”
Warning message:
“trovate tabelle metodi multiple per ‘extract_array’”
Warning message:
“trovate tabelle metodi multiple per ‘is_sparse’”
Warning message:
“trovate tabelle metodi multiple per ‘is_sparse<-’”
Warning message:
“trovate tabelle metodi multiple per ‘write_block’”